Los mecanismos de monitoreo, supervisión y control de la Secretaría Distrital de Salud (SDS) están dados a través del Sistema de Control Interno, y se encuentran organizados con los planes, principios, normas, procedimientos, mecanismos de verificación y evaluación adoptados por la SDS con el esquema de las líneas de defensa. Estas líneas están establecidas para procurar que las actividades, operaciones y actuaciones, así como la administración de la información y los recursos, se realicen de acuerdo con las normas constitucionales y legales vigentes.

El Modelo Integrado de Planeación y Gestión MIPG es una herramienta que promueve el mejoramiento continuo de las entidades, los procedimientos de control y de gestión del riesgo y los mecanismos para la prevención y evaluación de este.

Dentro de este modelo se encuentra la séptima dimensión de MIPG, que es la de Control Interno, la cual ayuda al aseguramiento razonable de las demás dimensiones para el cumplimiento de su propósito; esta dimensión opera con el Modelo Estándar de Control Interno, que ha sido y continuará siendo la base para la implementación y fortalecimiento del sistema de las entidades que se encuentran dentro del campo de aplicación de la Ley 87 de 1993.

La Oficina de Control Interno hace parte de las líneas de defensa y como tercera línea provee el aseguramiento independiente y objetivo sobre la efectividad del sistema de gestión de riesgos, validando que la línea estratégica, la primera línea y segunda línea de defensa cumplan con sus responsabilidades para el cumplimiento de los objetivos estratégicos y de proceso, así como de los riesgos de corrupción. En el Mapa de Procesos de la SDS se denomina como el de Evaluación, Seguimiento y Control a la Gestión,  su líder es el Jefe de Control Interno.

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